O enredo em Lemmings 3D aparece relacionado a jogos anteriores Lemmings, presumivelmente porque a história em todos os novos Mundial de Lemmings nunca foi concluída, e porque o desenvolvedor anterior, DMA Design, deixou de ser envolvido na série. Em vez disso, há um filme de introdução mostrando um completamente plana (2D) lemming estalando fora de unidade de disquete de um computador, e encontrar um botão '3D' a imprensa, o que faz dele 3-dimensional. Depois disso, o PC explode e os lemingues (agora 3D) dentro dela escapar.