Le scénario de Lemmings 3D apparaît sans rapport avec les précédents jeux Lemmings, sans doute parce que l'histoire dans tous les nouveaux World of Lemmings ne se est jamais terminée, et parce que le développeur précédent, DMA Design ne participait plus dans la série. Au lieu de cela, il y a un film d'introduction montrant un complètement à plat (2D) lemming exorbités de lecteur de disquette d'un ordinateur, et de trouver un bouton « 3D » à la presse, ce qui lui fait 3 dimensions. Après cela, le PC explose et les (maintenant 3D) à l'intérieur lemmings s'échapper.