La historia de Lemmings 3D aparece sin relación con los anteriores juegos de Lemmings, presumiblemente debido a la historia en todo el nuevo mundo de Lemmings nunca se completó, y debido a que el desarrollador anterior, DMA Design, fue ya no participa en la serie. En cambio, hay una película que muestra una introducción completamente plano (2D) lemming saliendo de la unidad de disco de un ordenador, y la búsqueda de un botón '3D' a la prensa, que lo hace en 3 dimensiones. Después de eso, el PC explota y los (ahora en 3D) lemmings dentro escapar.