Die Handlung in Lemmings 3D erscheint in keinem Zusammenhang mit früheren Lemmings Spiele, vermutlich, weil die Geschichte in allen neuen World of Lemmings wurde nie vollendet, und weil der vorherigen Entwickler, DMA Design, wurde nicht mehr in der Serie beteiligt. Stattdessen gibt es eine Einführung Film ein völlig ebenen (2D) Lemming knallend aus einem Computer-Diskettenlaufwerk und die Suche nach einer ,3D' Taste zu drücken zeigte, die ihn 3-dimensionale machen. Danach bläst der PC und die (jetzt 3D) Lemminge in ihm entkommen.