La trama in Lemmings 3D sembra estraneo a precedenti giochi di Lemmings, presumibilmente perché la storia in tutti i nuovi World of Lemmings non ha mai avuto a termine, e perché lo sviluppatore precedente, DMA Design, è stato non è più coinvolto nella serie. Invece, c'è un filmato introduttivo che mostra una completamente piatto (2D) lemming saltar fuori di unità floppy di un computer, e trovare un pulsante '3D' di stampa, che gli fa 3-dimensionale. Dopo di che, il PC fa saltare in aria e le (ora 3D) lemmings all'interno sfuggire.