Um RPG baseado na série de desenhos animados Digimon da Bandai, Digimon World 3 segue as aventuras de Júnior e seus dois amigos, Teddy e Ivy, como eles participam de um jogo de Digimon Online. Após a partida, o jogador terá que escolher um trio de Digimon a partir dos três conjuntos iniciais disponíveis. Uma vez no mundo dos Digimon on-line no entanto, os três amigos são informados de que o sistema está em extrema necessidade de reparos e que eles vão ter que ficar até que os reparos estão completos.