Ein RPG basiert auf Bandai Digimon Cartoon-Serie, Digimon World 3 folgt den Abenteuern von Junior und seine beiden Freunde, Teddy und Ivy, wie sie an einem Spiel von Digimon Online nehmen. Nach dem Start wird der Spieler hat ein Trio von Digimon holen aus den drei Anfangssätzen zur Verfügung. Einmal in der Welt der Digimon Online jedoch die drei Freunde sind darüber informiert, dass das System dringend repariert ist und dass sie dann bleiben müssen, bis die Reparaturen abgeschlossen sind.