Un juego de rol basado en la serie de dibujos animados Digimon de Bandai, Digimon World 3 sigue las aventuras de joven y sus dos amigos, Teddy y la hiedra, ya que toman parte en un juego de Digimon en línea. Al iniciarse, el jugador tendrá que escoger un trío de Digimon de los tres conjuntos iniciales disponibles. Una vez en el mundo de Digimon Online embargo, los tres amigos están informados de que el sistema está en extrema necesidad de reparaciones y de que van a tener que quedarse hasta que las reparaciones se han completado.