Un RPG basato su serie di cartoni animati Digimon di Bandai, Digimon World 3 segue le avventure di Junior ei suoi due amici, Teddy e Ivy, che prendono parte in un gioco di Digimon Online. All'avvio, il giocatore dovrà scegliere un trio di Digimon dalle tre set iniziali disponibili. Una volta nel mondo di Digimon in linea tuttavia, i tre amici sono informati che il sistema è in disperato bisogno di riparazioni e che avranno a rimanere fino a quando le riparazioni sono state completate.