Tous les habitants de la planète Bombé vivaient en paix, grâce au travail de protection des anciens et bienveillants esprits. Mais un jour, une armée maléfique de robots dirigés par le maléfique Bagurā apparaît et brise les tablettes sacrées en pierre, source des pouvoirs des esprits mystiques. La structure même de l'univers de Bomberman est maintenant en jeu ainsi que celle de la Planète Bomber, qui sous l'énorme pression, se divise en cinq mondes différents. Une équipe de Bombermen est assemblé afin de rétablir l'ordre dans l'univers et de récupérer tous les fragments des pierres sacrés. Cependant, ils ont tous échouent lamentablement... sauf un, Shirobon, le Bomberman Blanc, qui doit maintenant sauver le Monde Bomber tout seul.