L'histoire de Valkyria Chronicles 2 se déroule deux ans après la conclusion du jeu original. Un groupe de jeunes cadets de l'Académie militaire gallienne se retrouve plongé dans une guerre civile acharnée lorsque la nouvelle Armée révolutionnaire gallienne organise un coup d'État.
Au fur et à mesure que le drame épique se déroule dans le jeu, les joueurs vivront des histoires d'amitié, d'amour et de douleurs de croissance en période de guerre et de révolution.