Basé sur l'univers Star Wars, le jeu se déroule entre La Revanche des Sith et Un nouvel espoir. Le joueur incarne l'apprenti secret de Dark Vador et doit l'assister dans sa croisade contre les Jedi.
L'histoire débute sur Kashyyyk, la planète des Wookiees, juste après la fin de la Guerre des Clones. Dark Vador apprend que les Wookiees y cachent un Chevalier Jedi, Kento Marek. Vador se rend en personne sur la planète pour trouver ce Jedi. Cette première mission est en réalité un didacticiel qui permettra au joueur de se familiariser aux commandes du jeu.
Lorsque Vador trouve le Jedi, c'est le premier ennemi que le joueur affrontera. Vador en vient donc logiquement à vaincre ce Jedi. Mais avant de porter le coup de grâce, le sabre laser du Seigneur Noir des Sith lui est retiré de sa main par la Force.