Date spatiale : 346. D'une puissance encore inconnue, une nouvelle génération naîtra. Notre histoire commence sur la planète primitive de Roak où Roddick vit dans la ville paisible et sans incident de Kratus. En tant que membre de la « Force de défense » locale du village chargée de protéger Kratus, Roddick apprend qu’une étrange maladie s’est déclarée dans la ville voisine.
Les personnes infectées se transforment en pierre, mais continuent de vivre dans un état pétrifié. Roddick, accompagné de ses deux amis Millie et Dorne, se dirigent vers la ville voisine. Informés d'un remède contre la maladie, ils se dirigent vers le mont. Metorx où pousse une herbe médicinale. Lorsqu'ils atteignent le sommet, le groupe rencontre les mystérieux Ronyx et Ilia, qui apparaissent devant eux dans une colonne de lumière. Ainsi, l'histoire de Star Ocean commence enfin...