Situé dans une variété d'arrière-plans 2D colorés, Patapon se déroule à travers plus de 30 missions avec plus de 20 environnements différents, où les joueurs sont chargés d'équiper l'armée Patapon, de collecter des ressources et d'utiliser une stratégie pour faire de la tribu une force de combat dévastatrice. En incorporant divers battements de batterie synchronisés avec des boutons en temps réel pour contrôler les Patapons, les joueurs traverseront stratégiquement chaque environnement, combattant les ennemis à chaque étape du chemin.
Le jeu présente une variété de types de guerriers tels que des archers, de l'infanterie, de la cavalerie et bien plus encore que les joueurs peuvent débloquer, ainsi qu'une large sélection de plus de 100 améliorations d'armes et de boucliers, permettant aux joueurs de personnaliser leurs forces tout au long de cette aventure géniale.