Pour devenir un expert en affaires de singes, vous devez d'abord aller à l'école des singes. Mettant en vedette les personnages fous de la série Ape Escape, Ape Academy vous emmène dans une université remplie de mini-jeux, de fauteurs de troubles et de défis. Vous pouvez réussir en remportant des jeux tels que des jeux-questionnaires et des variantes de dodgeball, pong et pierre-papier-ciseaux. Le jeu vous permet également d'affronter d'autres joueurs PSP via une connexion Wi-Fi, ou de jouer contre un ami simultanément sur une PSP.