WILD ARMS 5 suit le voyage d'un groupe de jeunes voyageurs alors qu'ils tentent de percer les mystères de leur terre ravagée et s'impliquent sans le savoir dans une lutte qui décidera du sort du monde entier.
Dans une petite ville appelée Capo Bronco à la périphérie de Filgaia, deux jeunes, Dean Stark et Rebecca Streisand, sont témoins d'un événement incroyable : le bras géant d'un golem tombant du ciel, serrant une fille nommée Avril. Cette rencontre fortuite inspire Dean et Rebecca à voyager avec Avril à travers les friches de Filgaia dans l'espoir de l'aider à retrouver ses souvenirs perdus et à se lancer dans un voyage qui finira par décider du sort de toute l'humanité.