La secuela de kileak: El Imperativo de ADN, Epidemia sumerge a los jugadores en un mundo plagado por una enfermedad mortal: El virus Gigari. Tener difusión en todo el mundo, ha obligado a los restos de la civilización humana a esconderse bajo tierra. El hogar de la humanidad es Neural City, que es controlada por el Grupo Byflos, que mantienen la amenaza de apagar todo el soporte vital sobre las cabezas de habitantes de la ciudad. Como Masao Coda, un miembro del grupo de la liberación del Sol, debe usar su traje de armadura Protect para enganchar el Grupo Byflos y sus muchos secuaces robóticos, rescatar a su novia infectada de una muerte segura a manos del virus, y, finalmente, salvar a la humanidad .