Puyo Puyo Da! est un jeu de rythme-action se déroulant dans l'univers de Puyo Puyo. Les personnages principaux de la série décident de faire une pause dans tous les lanceurs de sorts et les puyo attrapés en s'affrontant dans une série de dance-offs.

Chaque joueur reçoit une séquence de mouvements du contrôleur et essaie d'exécuter ladite séquence en faisant correspondre les signaux graphiques et audio qui sont lus. Le succès augmente votre barre de santé, mais si vous échouez, vous courez le risque d'être battu par votre adversaire.

Les graphismes sont entièrement en 3D pour la première fois dans un jeu Puyo Puyo, avec des modèles entièrement polygonaux de chaque personnage alors qu'ils dansent en synchronisation avec la musique, composés d'une variété variée de morceaux J-Pop.