El jugador toma el control de un comando que busca rescatar a su familia secuestrada, incluyendo a su abuelo científico, quien se ve obligado a crear un arma que le otorgará al antagonista del juego, conocido solo como "el Comisionado", el poder de apoderarse de la Tierra.

En la versión de Sega Mega Drive/Genesis, el comando, conocido como Johnny Ford, tiene una misión en solitario para destruir el reinado de la entidad conocida como "El Rey Carmesí", quien secuestró a su familia porque el padre de Johnny, Malcolm Ford, creó un suero que podía inmunizar a las personas contra los efectos adictivos de las drogas.