En l'an UC 0122, deux années se sont écoulées depuis les évènements du manga Mobile Suit Gundam F90. Mars Zeon, (aussi appelé Oldsmobile à cause de leur utilisation de modèles de Mobile Suits datant de la Guerre de Un An, en réalité ces derniers sont grandement modifiés) est de retour. Alors que tout le monde les pensait disparus, ils réapparaissent pour menacer la Terre.
En réponse, la Fédération forme une unité dédiée à lutter contre toutes les organisations anti-fédérées.

D'un point de vue chronologique, le conflit présenté dans ce jeu est le dernier qui oppose des forces fédérées à une organisation officiellement zeoniste