Dans Ninja Baseball Bat Man 's les plus célèbres coupes et médailles du monde du baseball ont été volés. Le commissaire a demandé au plus connu des quatuor de les récupérer avant qu'ils ne soient perdus à jamais. L'aventure amènera les joueurs de Seattle à New York et dans de nombreuses villes intermédiaires. Sur le chemin, une horde vraiment bizarre d'ennemis devront être vaincus. Les ennemis varient de ville en ville et comptent dans leurs rangs des gants de baseball diaboliques, des marchant cartes à jouer et balles de baseball humanoïdes et bien d'autres méchants très colorés y compris des punks.