Dans God Eater, la terre a été ruinée par des bêtes mutantes connues sous le nom d'Aragami et le seul espoir de l'humanité contre elles réside dans les armes Jinki et les God Eaters qui les manient. Les joueurs créeront leur propre héros et combattront plus de 35 types d'ennemis uniques pour trouver des objets permettant de personnaliser leurs armes, fusils, balles et boucliers afin d'augmenter leur force et leur endurance.
Un mode prédateur unique ajoutera un nouveau niveau de stratégie alors que les joueurs transformeront leur Jinki en forme de bête pour obtenir de meilleures statistiques et des balles spéciales pour lancer de puissantes attaques en solo ou avec jusqu'à quatre amis.