Le jeu se joue de la même manière que ses prédécesseurs, un jeu vidéo de rôle avec des batailles au tour par tour, mais cette fois, les ennemis ont des affinités avec les trois éléments supérieurs que sont le temps, l'espace et le mirage. D'autres ajouts sont les bonus de tour de "rush", permettant au joueur d'effectuer deux actions à la fois, "guard", qui annule tout dommage, "vanish", qui fait disparaître une cible pendant quelques tours, et "death", qui donne à l'attaque l'effet d'une mort instantanée.
Tout au long des donjons des jeux, le joueur trouvera des portes gravées avec des symboles de la lune, des étoiles et du soleil, qui déclenchent respectivement des scènes d'histoire longue, des scènes d'histoire courte et des mini-jeux. Ces scènes racontent généralement l'histoire d'événements passés et peuvent présenter des batailles.