Trails in the Sky FC suit le parcours d'Estelle et Joshua Bright, alors qu'ils s'entraînent pour devenir des brassards dans le royaume de Liberl. Poussés par la disparition de leur père, ils parcourent les cinq régions de Rolent, Bose, Ruan, Zeiss et enfin Grancel.
Du vol à petite échelle d'un cristal coûteux à une conspiration à l'échelle du pays avec un mystérieux orbment noir en son centre, leur voyage à travers les régions leur fait rencontrer des défis qu'ils doivent résoudre alors qu'ils rencontrent toutes les facettes du pays Liberl dans leur quête de le rang d'un brassard senior.