Basato sulla serie animata, piuttosto che sui fumetti o sui film, Batman: Vengeance vi mette nei panni del "Cavaliere Oscuro" in una Gotham City in 3D, per affrontare e combattere nemici come Mr. Freeze, Poison Ivy, Harley Quinn e, sì, il Joker.

Il Joker è morto dopo essere caduto da un ponte durante una rissa con il nostro eroe incappucciato. Con il posto del grande uomo al vertice della gerarchia criminale in palio, i criminali più atroci della città sono in campo in forze, arrampicandosi l'uno sull'altro per la nuova opportunità di lavoro. I nemici più pericolosi di Batman stanno causando un'ondata di criminalità senza precedenti a Gotham. Niente è come sembra. Non si può nemmeno essere certi che il famigerato Joker abbia davvero cessato di esistere. La sicurezza di Gotham è in bilico e solo Batman può salvarla.