Inspiré de la série animée plutôt que des comics ou des films, Batman : Vengeance vous place dans la peau du « Chevalier Noir » dans une Gotham City en 3D, où vous devrez affronter des ennemis tels que Mr. Freeze, Poison Ivy, Harley Quinn et, bien sûr, le Joker.

Le Joker est mort après être tombé d'un pont au milieu d'une bagarre avec notre héros masqué. Sa place au sommet de la hiérarchie criminelle étant en jeu, les plus grands criminels de la ville sont en force, se bousculant pour décrocher ce nouveau poste. Les adversaires les plus dangereux de Batman provoquent une vague de criminalité sans précédent à Gotham. Rien n'est ce qu'il paraît. On ne peut même pas être sûr que le tristement célèbre Joker ait réellement disparu. La sécurité de Gotham est en jeu, et seul Batman peut la sauver.