En décembre 1988, deux personnages improbables du monde des Yakuza, Kazuma Kiryu de la région de Kanto et Goro Majima de la région de Kansai, se retrouvent soudainement impliqués dans les terribles événements du conflit dit du « terrain vague », qui est la pièce maîtresse de la lutte de pouvoir pour toutes les organisations obscures du Japon.
Afin de découvrir la vérité derrière cette lutte de pouvoir, ainsi que de maintenir leur propre innocence et leur sécurité, ils ont entrepris d'enquêter sur tous les événements entourant l'incident du « terrain vague ».