In Final Fantasy VI, la storia racconta apertura di una guerra antica che ha avuto luogo un migliaio di anni nel passato. Le battaglie sono state vinte e perse dal potere della magia e il conflitto è venuto per essere chiamato il 'Guerra dei Magi.' Questa terribile guerra ha devastato quasi tutta l'umanità. Ora, secoli dopo, tutta la magia è sparita dal mondo e ad alta tecnologia regna al suo posto. Nonostante la potenza ei progressi ottenuti attraverso la tecnologia, ci sono quelli che vorrebbero provare a riportare i poteri distruttivi della magia.