En Final Fantasy VI, la historia narra la apertura de una antigua guerra que se llevó a cabo de mil años en el pasado. Batallas se ganan y se pierden por el poder de la magia y el conflicto llegó a ser llamada la 'Guerra de los magos.' Esta terrible guerra devastó casi toda la humanidad. Ahora, siglos más tarde, toda la magia ha desaparecido de los reinados de alta tecnología del mundo y en su lugar. A pesar del poder y los avances obtenidos a través de la tecnología, hay aquellos que tratan y traer de vuelta los poderes destructivos de la magia.