L'histoire de Xenosaga III commence un an après la fin de "Xenosaga II". Shion a démissionné de Vector Industries après avoir appris que l'entreprise était profondément liée à l'apparition de la Gnosis. Elle rejoint plutôt Scientia, une organisation clandestine travaillant à dévoiler les secrets de Vector afin de les faire tomber.
Découvrez la vérité et sauvez l'humanité dans la finale de la série Xenosaga qui propose plus de 3 heures de films, un système de combat mis à jour et une fonction de personnalisation améliorée avec une spécialisation et une diversification plus approfondies des personnages et des récompenses plus élevées pour la gestion stratégique du groupe. Ce RPG comprend également une fonctionnalité de base de données facilement accessible, la "Xeno Bible" et un mini-jeu avec plus de 50 niveaux qui vous met au défi, vous et vos amis.