Alors qu'une ville paisible est victime d'une violence et de troubles extrêmes, un samouraï arrive avec la capacité de changer le destin de la ville. Dans Way of the Samurai 2, vous jouerez le rôle du samouraï dans le Japon féodal et vous vous battrez pour sauver la ville d'Amahara.
Vous pouvez désormais découvrir les techniques traditionnelles des samouraïs, avec des mouvements de combat à l'épée réalistes et plus de 60 épées puissantes. Que vous libériez l'innocent ou que vous rejoigniez le corrompu, vos décisions affectent la fin du jeu.