En 1878, l'effondrement de l'âge du shogun Tokugawa et la montée de l'ère de la restauration Meiji ont mis fin à l'ère des samouraïs. Way of the Samurai vous place dans le rôle d'un samouraï errant entraîné dans un conflit entre la famille Kurofu et le clan Akadama à propos d'une fonderie de fer.
Lorsque vous rencontrez les deux parties au conflit, vous pouvez utiliser la tromperie, la trahison ou le combat pour façonner l'issue du conflit. Ramassez des dizaines d'épées différentes, chacune représentant un style de combat différent.