Brisant le temps et l'espace, le venimeux Serpent King Orochi a kidnappé les Dynasty Warriors et les Samurai Warriors dans le but de tester sa puissance. Les héros ont finalement vaincu Orochi et son armée menaçante. Alors que l'Orochi tué se trouve dans le monde souterrain, une mystérieuse alliance élabore un plan d'un autre monde afin que le Roi Serpent puisse ressusciter.
Maintenant, un nouveau groupe de guerriers doit unir ses forces avec les meilleurs de l'histoire dans un effort pour arrêter cette résurrection maléfique. Warriors Orochi 2 se déroule après les événements du jeu original.