Situé dans le Tokyo post-apocalyptique, au Japon, Shin Megami Tensei : Nocturne vous emmène dans un monde où presque toute la population est anéantie par une catastrophe mondiale appelée la Conception.
Désormais, le destin du monde entier repose sur les épaules d'un garçon, qui doit se frayer un chemin à travers des forces démoniaques opposées, maîtriser les pouvoirs de Magatama et persuader les démons de rejoindre votre groupe. Certains démons peuvent évoluer vers de nouvelles formes par eux-mêmes ou peuvent être fusionnés en monstres plus puissants.