Au terme d'un combat épique contre Angel au sommet de la Tour du Karma, les cinq membres de l'Embryon et Sera, le Cyber Shaman, furent aspirés et projetés dans le Nirvana, le paradis pour lequel ils se sont battus. Toutefois, ce nouveau monde ressemblait à un nouvel enfer : dominé par le Soleil Noir, dont les rayons changent en pierre tous ceux qui le regardent, le Nirvana est un monde aride où les humains sont classés entre ceux qui croient en la Karma Society et ceux qui n'y croient pas. La première catégorie vit dans l'opulence à Karma City et les autres sont traqués et dévorés par les soldats de la société. Débarqués dans ce milieu trouble, séparés, les membres de l'Embryon cherchent à se réunir et à sauver Sera afin de comprendre l'imbroglio dans lequel ils sont tombés ; pour cela, ils rejoignent un mouvement de résistance nommé Lokapala. Leurs pérégrinations leur apprendront la vérité sur leur existence, leur passé, et auront des conséquences irréversibles sur le monde de Nirvana...