Clank est en mission. Son meilleur ami, Ratchet, a été piégé par un ennemi impitoyable et emprisonné pour un crime qu'il n'a pas commis. Non seulement cela, mais la prison à sécurité maximale de Ratchet regorge des criminels les plus dangereux de l'univers, dont la plupart font la queue pour «accueillir» personnellement Ratchet dans sa nouvelle cellule.
Heureusement pour Ratchet, il a Clank à l'extérieur, et heureusement pour Clank, c'est le genre de petit robot intelligent qui est cool sous pression et sait une chose ou deux sur la traque d'un ennemi mystérieux. C'est pourquoi, en tant qu'agent secret Clank, il est à la recherche d'indices pour percer le mystère et obtenir la libération de Ratchet de prison.