Le fléau maléfique de Nobunaga s'est maintenant propagé à travers le temps pour affecter l'avenir. Alors que Samanosuke se prépare au combat, un nouveau héros entre dans la mêlée : Jacques Blanc, officier militaire français. Deux héros de terres et de temps différents doivent voyager à travers le temps et l'espace pour vaincre le maléfique Nobunaga et ses hordes de ténèbres.
Contrôlez le destin des deux hommes alors que vous voyagez du Japon du XVIe siècle au Paris d'aujourd'hui et vice-versa. Onimusha 3: Demon Siege est le dernier chapitre de la trilogie Onimusha.