Odin Sphere a cinq histoires. Le protagoniste de chaque histoire est lié à la royauté de chacune des cinq nations en guerre dans le monde d'Erion. Chacun de ces protagonistes brandit un `` Psypher '', une arme avec un gros cristal capable d'absorber des `` Phozons '', des étincelles d'énergie libérées quand quelque chose (comme un ennemi) est tué. Ces cinq histoires se chevauchent et s'interconnectent, et le protagoniste d'une histoire peut être l'antagoniste d'une autre. Dans les actes de chaque chapitre, le joueur peut obtenir des informations relatives à la "mission" à venir, ainsi qu'acheter et vendre des marchandises avant de partir pour la prochaine destination