Le joueur peut utiliser le jutsu équippable, une tendance qui a commencé dans le deuxième jeu, et pour la première fois, l'Ultimate Jutsu équippable. Lorsque deux jutsus de la même force s'affrontent, le jeu se transforme en un affrontement de jutsu, dans lequel le ou les joueurs doivent rapidement appuyer sur un bouton spécifique à plusieurs reprises, jusqu'à ce que l'un des jutsu l'emporte sur l'autre. Dans cet épisode, le joueur doit à la fois induire des transformations temporaires et d'autres, plus permanentes, qui durent tout le reste du combat. Le joueur a également la possibilité d'invoquer d'autres personnages grâce à l'Ultimate Jutsu, comme Gamabunta. Cependant, les personnages de soutien ont été supprimés et le jeu restreint le joueur à utiliser un seul Jutsu ultime pour chaque bataille au lieu des trois prédéfinis habituels.