Marvel: Ultimate Alliance permet aux joueurs de créer leur équipe ultime à partir de la plus grande alliance de super-héros de tous les temps alors qu'ils s'engagent dans une quête épique pour déterminer le sort de l'univers Marvel. Les joueurs peuvent contrôler leur propre équipe totalement unique en choisissant parmi la plus grande liste de super-héros légendaires jamais réunis en un seul jeu.
À travers la campagne épique, les héros se battront, feront équipe et interagiront avec plus de 140 personnages de l'univers Marvel et affronteront finalement des méchants notoires.