Jak et Daxter sont deux amis qui vivent dans le Village des Sables. Un jour, alors qu'ils se rendent sur l’Île de la Brume, bravant ainsi l'interdiction du Sage vert Samos Hagaï, ils observent un rassemblement de Lurkers – sorte de monstres se rapprochant des gorilles qui deviendront les principaux ennemis des deux compères tout au long du jeu. Les deux amis décident alors de prendre la fuite et prennent le chemin du retour, lorsque Daxter tombe dans un puits contenant de l'Éco noire et se transforme en « beloutre », sorte de chimère ressemblant à un mélange entre une belette et une loutre.De retour au Village des Sables, Samos, informé de la situation, leur explique alors que seul le Sage Gol Acheron, expert en Éco noire, est capable de rendre à Daxter sa forme originale, mais que ce Gol vit loin du village, vers le Nord. De plus, les portails de téléportation, permettant un voyage rapide entre les demeures des Sages, semblent tous fermés, ce qui ne laisse d'autre choix que d'emprunter la route, sur un trajet difficile et parsemé d'embûches. Commence alors pour Jak un long voyage avant la guérison de son ami.