Seduzido pelo poder que lhe foi oferecido, um samurai permite que mal aconteça ao seu filho recém-nascido. O filho, destinado a destruir os 48 Demônios, tem 48 partes do corpo removidas, uma por cada demônio. O samurai abandona os restos mortais à deriva em um rio, onde a criança ainda viva é descoberta por um médico bondoso. Depois de criar a criança, o médico a opera, substituindo suas partes perdidas por mecânicas. Sabendo do destino da criança, o médico substitui seus braços perdidos por braços com espadas, acopla um rifle de repetição a um braço e um canhão a uma perna. O jogo começa com Hyakkimaru, agora adulto, iniciando sua jornada para recuperar suas partes do corpo dos Demônios. Logo acompanhado pelo ladrão mirim Dororo, a dupla embarca em uma busca contra demônios japoneses ancestrais e os monstros que eles criam.