À la fin d'Armored Core: Nexus, Navis a joué sa dernière carte en essayant de prendre le contrôle d'une arme ancestrale de haute technologie. Il en a résulté la destruction partielle du monde. Dans le but d'affirmer leur puissance, les principales autres compagnies (Crest, Mirage et Kisaragi) ont fusionné pour donner naissance à une super coalition : l'Alliance. Le Raven Jack-O, qui jouait un rôle mineur dans Armored Core: Nexus, ne tolère plus le joug qu'imposent les compagnies et voit l'Alliance comme une menace à endiguer. C'est ainsi qu'il crée Vertex, une organisation de Ravens, qui surgit des cendres de la Raven's Ark. Après avoir rallié à sa cause un nombre non négligeable de ces mercenaires pilotes d'AC, Jack-O déclare qu'il lancera un assaut final contre l'Alliance dans 24 heures. Le Raven Evangel, également présent dans Nexus, est le chef militaire de l'Alliance. Il a également gagné le soutien de nombreux Ravens et il se prépare à affronter Jack-O. Pour rendre les choses encore plus compliquées, beaucoup de Ravens sont devenus des chefs de guerre indépendants depuis la dissolution de la Raven's Ark.
Et enfin, il y a vous. Vous êtes contacté par les deux camps, qui ont besoin de vos services. Allez-vous travailler pour l'Alliance ou aider Vertex à détruire la coalition ? À vous de choisir, Raven.