L'histoire de Far Cry 3 se déroule sur l'archipel de Rook Island, en apparence paradisiaque, situé dans l'océan Pacifique.

La population locale, les Rakyats, est dominée et terrorisée par un groupe de pirates mené par Vaas Montenegro, un Rakyat renégat s'étant laissé corrompre par l'argent et la drogue. Ces pirates profitent de la venue de touristes américains pour les prendre en otage et obtenir une rançon, ou bien même s'adonnent à du trafic d'êtres humains et du trafic de drogue. Dans cette atmosphère inquiétante et dangereuse, un groupe de touristes californiens se rend sur l'île pour un saut en parachute : occasion rêvée pour Vaas et ses hommes de les capturer et ainsi espérer une belle somme d'argent de leur famille en échange de leur liberté.

Dans ce groupe de personnes se trouvent Jason Brody (le héros du jeu), ses deux frères Grant et Riley ainsi que Lisa (la petite-amie de Jason), Daisy (la petite-amie de Grant), Keith et Oliver (meilleurs amis de Jason). Jason est enfermé dans la même cage que son grand frère Grant qui, grâce à son expérience militaire, parvient à les faire évader. Cependant, Vaas abat Grant, et, pour s'amuser, laisse Jason s'enfuir du camp de détention et s'enfoncer dans la jungle. De là, ce-dernier va être petit à petit poussé dans ses derniers retranchements à la fois physiquement et mentalement...