Dans un futur où les hommes ont découvert la téléportation, un mystérieux ennemi venu d’une autre dimension - nom de code « Quake » - a infiltré les installations humaines via ses propres télé-porteurs pour y semer la mort et le chaos. Alors qu’une opération contre-attaque est prévu par votre état-major, le joueur (un space-marine) se retrouve seul survivant d’une seconde attaque. Il devra malgré tout mener à bien sa mission, entièrement seul : éradiquer les démons présents dans 4 dimensions différentes (accessibles via des portails) et détruire celui qui les commandent : « Quake » lui même.