Dans le passé, Shovel Knight, un petit chevalier combattant avec une pelle, explorait en compagnie de Shield Knight, dont l'arme de prédilection est un grand bouclier. Après la disparition de sa partenaire dans la Tour du Destin, il prend retraite de sa vie d'aventurier. En son absence, une sorcière nommée l'Enchanteresse a fait son apparition et a corrompu tous les nobles de la région qui ont rejoint son "Ordre des Sans-Quartiers". Notre héros repart alors à l'aventure en direction de la Tour du Destin pour sauver son ancienne partenaire (et bien-aimée) et libérer le royaume de l'influence néfaste de l'Enchanteresse.