Nous sommes en 21XX et le chaos des guerres réploïdes est passé. La colonisation lunaire est à son apogée. La plus grande colonie, l’Eurasie, est prise de manière inattendue par une bande inconnue de terroristes galactiques. Son dispositif de gravité artificielle a été piraté et l’Eurasie est maintenant sur une trajectoire de collision avec la Terre.
La seule façon de l’arrêter est de déployer un ancien canon à faisceau, Codename: Enigma. Rejoignez Mega Man X et son ami, Zero, alors qu’ils font une course contre la montre pour collecter les pièces nécessaires pour redémarrer Enigma, empêcher l’annihilation totale et sauver la vie sur Terre !