Avec la Secret Society, les sponsors des deux précédents tournois Battle Arena Toshinden, finalement vaincus, il serait bientôt transpirer et être connu que le groupe criminel rival de longue date de la Secret Society, l'Organisation, qui a observé les deux tournois de l'ombre, sont maintenant prêts à faire leur propre mouvement en ayant à mettre au monde le dieu combattant destructeur, Agon Teos.
Le chef de l'Organisation, Abel, a besoin du sang sacrificiel des guerriers les plus puissants du monde et grâce aux connaissances de son fidèle agent, Vermilion, Abel organise et parraine un troisième tournoi Battle Arena Toshinden afin d'attirer Eiji Shinjo et ses camarades Toshinden dans le ouvert tout en les opposant à ses propres guerriers choisis, qui ont copié et appris les styles de combat respectifs de leurs cibles spécifiques.
De plus, Abel cible un jeune anglais nommé David alors qu'il cherche à l'utiliser comme un vaisseau humain potentiel pour Agon Teos. Parvenant à échapper à la poursuite incessante de l'Organisation, David est bientôt sauvé et secouru par une jeune joueuse japonaise nommée Shizuku Fuji et en temps voulu, David et Shizuku entrent dans le tournoi afin d'aider Eiji et le reste des Toshinden. combattants contre l’Organisation.