Le concept de Ms. Pac-Man demeure identique à Pac-Man puisqu'il en garde la majorité du code. Le joueur contrôle un personnage dans un labyrinthe et le but est d'avaler toutes les pac-gommes en évitant les fantômes. Le jeu se différencie de l'original en introduisant un nouveau personnage féminin, de nouveaux tableaux et des comportements de fantômes désormais en partie aléatoires. Il devient impossible de terminer les tableaux en utilisant le même parcours comme dans le premier épisode : le joueur doit « comprendre » le comportement des fantômes pour déjouer leur approche. Le jeu propose également de nouvelles cinématiques qui mettent en scène la relation naissante entre Ms. Pac-Man et Pac-Man