Au lieu de jouer avec des pièces de formes différentes les unes des autres comme dans Tetris, le joueur dispose de pièces verticales composées de 3 blocs dont les couleurs respectives sont aléatoires. Il est possible de permuter ces 3 blocs à l'aide d'une touche, et de déplacer la pièce vers la droite ou la gauche.

Le but est de réarranger et placer les pièces de manière à faire apparaître des lignes verticales, horizontales ou diagonales de 3 blocs (ou plus) de même couleur, ce qui a pour effet de faire disparaître ces blocs. Le jeu respecte les lois de la pesanteur : les blocs qui ne reposent plus sur rien tombent, cet élément de gameplay permet notamment de faire disparaître d'affilée plusieurs groupes de blocs, ce qui rapporte bien plus en score.

Comme dans Tetris, le jeu s'accélère petit à petit, jusqu'à ce que le joueur perde quand les pièces viennent à déborder en haut de l'écran.

Columns est assez complexe comparé à Tetris dans la mesure où la vision du jeu est plus compliquée et que les combos (enchaînements) demandent généralement une bonne visualisation et organisation de son jeu.